대법 "과점주주 간주취득세, 취득의제 당시 장부가액 기준…실제 취득가격 부합 여부는 따져야"

대법원이 과점주주 간주취득세의 과세표준은 원칙적으로 취득의제 당시 법인의 장부가액을 기준으로 산정해야 한다는 법리를 재확인했다. 다만 장부가액이라고 해서 실제 취득가격과의 부합 여부를 따지지 않은 채 곧바로 과세표준으로 삼을 수는 없다고 봤다.

대법원 제2부는 주식회사 ○○○개발이 김해시장을 상대로 낸 경정거부처분취소 사건(2026두30758)에서 상고를 기각했다. 선고일은 2026년 8월 12일이며, 원심은 부산고등법원 2026년 2월 13일 선고 (창원)2024누11405 판결이다.

대법원에 따르면 구 지방세법상 법인의 주식이나 지분을 취득해 과점주주가 되면 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 의제된다. 이때 간주취득세 과세표준은 취득의제 당시 법인의 자산총액을 기준으로 하고, 결산서나 장부 등에 따라 산정할 때는 그 시점의 장부가액을 기준으로 해야 한다.

재판부는 이 법리가 납세의무자가 과세표준을 자진신고한 경우에도 같다고 밝혔다. 신고가액이 결산서 및 장부 등에 따라 산정한 정당한 과세표준에 미달하면 과세관청은 신고 내용과 달리 과세표준을 산정할 수 있다는 취지다.

다만 재판부는 법인의 장부가액을 무조건 취득세 과세표준으로 삼아야 하는 것은 아니라고 판시했다. 법인 장부가액을 취득가액으로 보는 이유는 일반적으로 실제 취득가격에 부합할 신빙성이 있다는 전제 때문이어서, 실제 취득가격과 맞는지는 별도로 살펴야 한다는 것이다.

이 사건에서 원고는 2021년 12월 3일 쟁점회사 발행주식 50%를, 2022년 6월 13일 나머지 50%를 각각 취득했다. 이후 회사 보유 부동산의 취득원가를 기준으로 간주취득세 과세표준을 신고했다가, 취득원가에서 재고자산평가충당금을 공제한 장부가액을 기준으로 과세표준이 감액돼야 한다며 경정청구를 했다.

원심은 평가충당금 산정의 적정성을 뒷받침할 객관적 자료와 근거가 제출되지 않았다고 보고, 과세관청의 처분을 유지했다. 대법원도 원심의 일부 법리 전제는 적절하지 않았다고 지적했지만, 평가충당금의 적정성을 인정할 수 없는 이상 원심 결론은 정당하다며 상고를 기각했다.

이번 판결은 과점주주 간주취득세 실무에서 장부가액 기준 원칙과 함께, 그 장부가액이 실제 취득가격을 반영하는지에 대한 심리가 필요하다는 점을 함께 확인한 판단으로 볼 수 있다.

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